El "Linaje de Reiki" hace referencia a la cadena de iniciaciones que nos une con Usui Sensei a través de nuestro Maestro. El Linaje siempre comienza con Usui Sensei y, de Maestro en Maestro, llega hasta cada uno de los practicantes.

Existen, básicamente, dos cadenas de Linaje: el Reiki Tradicional Japonés (Linaje Usui Sensei a través del "Usui Reiki Ryoho Gakkai") y el Reiki Occidental (Linaje Usui-Hayashi-Takata a través de "Reiki Alliance", "Radiance Technique" - "A.I.R.A." y los Maestros independientes).
 
Ningún occidental puede estar iniciado de manera directa en el Reiki Tradicional Japonés, puesto que el "Usui Reiki Ryoho Gakkai" sólo acepta japoneses en su seno. Sin embargo, sí podemos tener una iniciación indirecta a través de Hiroshi Doi, creador del sistema "Gendai Reiki Ho" y presidente de la "Gendai Reiki Healing Association" que fue iniciado a su vez por la Sra. Kimiko Koyama (6ª Presidenta del "Usui Reiki Ryoho Gakkai"). Hiroshi Doi ha dado a conocer varias de las técnicas japonesas tradicionales y ha divulgado otras previa adaptación.